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瑞士一家公司、实验室获资助用于质谱新方法
2012年1月13日,瑞士蛋白质组学公司Biognosys和瑞士苏黎世联邦工学院研究员Reudi Aebersold博士,从瑞士技术创新委员会(CTI)获得了150万瑞士法郎(157万美元),该款项用于支持超级反应监测质谱(HRM-MS)技术的市场化。
去年6月(2011年6月10道),Aebersold博士在美国质谱年会上介绍了一种新技术,这是一种基于数据-非依赖(data-independent)采集技术(SWATH)的蛋白质组学新技术。据Biognosys公司的一份声明称,这种新技术“可以同时测定一个样品中瓷棒成千上万的已知和未知的蛋白质,并在随后提取蛋白质的全貌(profile)数据。”
Aebersold实验室在AB SCIEX 的TripleTOF 5600质谱仪上开发了SWATH方法,正如他在ASMS会议上接受ProteoMonitor采访时所说,TripleTOF 5600是市场上性能足以不过运行该技术的唯一的一款Q-TOF仪器。
“我们需要非常高的灵敏度、宽动态范围、和快速扫描能力”,他说,“这些性能之间关系复杂,当你调整其中某项时会影响其它性能。现在,Tripl汽车涂料eTOF 5600提供了这些性能的最佳组合。”
同选择反应监测质谱法(SRM-MS)一样, SWATH也是在特定的母离子窗口下来检测目标的碎片,期望该窗口中出现感兴趣的肽;然后观测碎片离子的水平,从而对感兴趣的肽进行定性和定量。
差别是,据Aebersold所述,由于TripleTOF 5600质谱仪的速度特别快,SWATH可以选择一个25 amu的宽母离子窗口,并把所有的母离子质量范围划分成分段的25 amu宽的窗口,就可以“采集液相流出的所有组分的碎片”。
然后,使用Aebersold和系统生物研并获得更好的发展究所的Rob Moritz领导开发的SRMAtlas软件,研究者们可通过搜索,将质谱采集的碎片离子谱图和SRMA石油钻杆tlas的参考谱库进行比对,从而鉴定多肽。
采用独特的搜索策略非常必要,Aebersold说,因为通过该技术产生的大碎片离子的谱图,会“呛(choke)”住一个典型的搜索引擎。
“因此我们使用SRM谱库,在这些组分谱里选择和发不但可以全心致力于为新老客户生产满意的产品现特定的对目标肽响应的模式”,他说,“和用玉溪序列数据库搜索不同,我们不试图解释每张谱;我们只是想发现那些模式,能告诉我们一个特定的肽是否出现,如果出现的话这个肽的含量是多少。”
去年7月(2011年7月22日PM报道),Aebersold说他初步使用该技术的研究显示,SWATH法能在复杂样本中鉴定超过4个数据量动态范围的蛋白,其定量的性能与SRM-MS相当。
“在检测灵敏度方面,SWATH技术可能比SRM低倍,但它正在接近于SRM的性能,”他说。
2008年,Biognosys公司从瑞士联邦工学院独立。2011年11月它在首轮融资中获得270万瑞士法郎(300万美元)(2011年11月4道)。其站显示的客户包括诺华、辉瑞、Integrated Diagnostics和飞利浦。
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